Die für die Digitale Signatur und Verschlüsselung erforderlichen Benutzerzertifikate können bei Bedarf über eine MPKI (Managed Publickey Infrastructure) automatisch durch den Secure E-Mail Gateway bezogen oder manuell für den jeweiligen Benutzer importiert werden. Das bedeutet, die dazu erforderlichen zentralen Funktionalitäten (eingebaute PKI, Konnektoren zu offiziellen CAs, automatische Zuweisungsfunktion der Zertifikate zu den Usern) sind in der SEPPmail standardmäßig und ohne Mehrkosten vorhanden und werden mit der Verschlüsselungslizenz dem Betreiber und Nutzer zur Verfügung gestellt. Die Signaturfunktionalität wird freigeschaltet sobald die Nutzerlizenz erworben wurde.
Damit auch das Beziehen der entsprechenden Zertifikate ein Kinderspiel ist, arbeitet die SEPPmail – Deutschland GmbH mit namhaften Certificate Authorities (CAs) zusammen und vertreibt deren digitale Zertifikate.